Ғылыми кеңес университеттің консультативтік-кеңесші басқару органы болып табылады. Ғылыми кеңестің Төрағасы – университеттің Президент-Ректоры, т.ғ.д., профессор БАЙБЕКОВ СЕЙТҚАСЫМ НИЯЗБЕКҰЛЫ.
Университеттің Ғылыми кеңесінің қызметі жариялылық және оның құзыретіне кіретін мәселелерді ұжымдық талқылау қағидаттарына негізделеді. Ғылыми кеңес университет Ректорының бұйрығымен құрылады.
Ғылыми кеңес өз қызметінде Қазақстан Республикасының заңнамасын, ҚазТБУ Жарғысын, сондай-ақ жоғары оқу орнының Ғылыми кеңесі қызметінің үлгілік ережесін (Қазақстан Республикасы білім және ғылым министрінің міндетін атқарушының 2007 жылғы 22 қарашадағы №574 Бұйрығы) басшылыққа алады.
Ғылыми кеңес өз жұмысын тиісті оқу жылына бекітілген жоспар негізінде ұйымдастырады.
Ғылыми кеңес құрамына Президент-Ректор, проректорлар, факультет декандары, құрылымдық бөлімшелердің басшылары, белгілі бір білім саласында университеттің дамуына елеулі үлес қосқан жоғары білікті мамандар кіреді, сондай-ақ студенттер.
Ғылыми кеңес Төрағасының орынбасарын Ғылыми кеңес Төрағасы тағайындайды. Ғылыми кеңес Төрағасының орынбасары болып проректор тағайындалады, ол Төраға болмаған кезде Төрағаның міндетін атқарады. Ғылыми кеңестің басқа мүшелері университеттің жалпы жиналысында жасырын дауыс беру арқылы сайланады.
Ғылыми кеңестің 2020-2021 жылдарға арналған жұмыс жоспары (сәуір-мамыр-маусым айларына өзгертулермен және толықтырулармен)
Ғылыми кеңестің 2021-2022 оқу жылына арналған жұмыс жоспары
ҚазТБУ Ғылыми кеңесінің 2021-2022 оқу жылына арналған жұмыс жоспарына 30.06.2021 ж. өзгерістер мен толықтырулар енгізу туралы
ҚазТБУ Ғылыми кеңесінің 2022-2023 оқу жылына арналған жұмыс жоспары
16-01-2019 жылғы ғылыми атақ беру ережесіне өзгерістер мен толықтырулар енгізу туралы
07-07-2021 жылғы ғылыми атақ беру ережесіне өзгерістер мен толықтырулар енгізу туралы