Флаг университета является символом нашего образовательного учреждения. В центре флага КазУТБ расположен свой собственный логотип, представляющей собой прямоугольное полотнище голубого цвета с изображением в его центре солнца с 16 лучами. У древка — вертикальная полоса с национальным орнаментом. Изображение солнца с лучами, надпись с вертикальной полосой и национальным орнаментом — цвета золота. Соотношение ширины флага к его длине 1:2.

Голубой фон флага призывает коллектив и студентов КазУТБ к покорению новых вершин образования.